Na história do game, a Liga da Justiça está desaparecida, e a responsabilidade de proteger a Terra está agora com o Sindicato da Justiça, um grupo desconhecido de super-heróis ,vindo de uma terra paralela. No entanto, há algo de estranho com esses novos heróis, e cabe aos grandes vilões descobrir a verdade por trás de tudo isso.
Coringa, Arlequina, Flash Reverso, Lex Luthor, Gorila Grodd, Darkseid, Exterminador, Nevasca, Mulher Gato, Charada e Espantalho são alguns dos vilões já confirmados nos primeiros materiais de divulgação, mas com certeza, o jogo deverá contar com diversos outros personagens do universo DC.